Dhimbjet e kokës që shfaqen në mëngjes mund të kenë shkaktarë të ndryshëm. Ato mund të jenë rezultat i ndryshimit në fiziologjinë e trupit. Në orët e hershme të mëngjesit trupi mund të prodhojë më shumë adrenalinë e kjo rezulton në dhimbje të kokës. Migrena mund të jetë shkaktari i dhimbjeve të hershme të kokës. Gjysma e këtyre dhimbjeve fillojnë mes orës 4 dhe 9 të mëngjesit, ndërkaq deri në 50% të personave me migrenë kanë probleme me gjumin. Pagjumësia është shpeshherë shkaktar i dhimbjeve të kokës në mëngjes. Pagjumësia mund të trajtohet në shumë mënyra, por këshillohet të konsultoheni me doktorin tuaj.
Në një studim të publikuar në revistën ‘Journal of the american Medical Association’, faktorët më të rëndësishëm të dhimbjeve kronike të kokës në mëngjes vijnë si pasojë e ankthit dhe depresionit.